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Cette commune est une création tardive. Elle s'est constituée en 1858, aux dépens de Mohon/Mozhon. La séparation de Saint-Malo est déjà effective sur le plan religieux en 1846, lorsque la localité, dotée d'une simple chapelle, accède au statut de paroisse indépendante. L'édifice est dédié à saint Malo, sant Maloù en breton, comme l'une des trois fontaines auxquels se rapporte le nom. Ce patronage n'est probablement pas étranger au fait que Mohon/Mozhon, et par conséquent la partie méridionale qui allait donner naissance à Saint-Malo-des-Trois-Fontaines, relevait autrefois de l'évêché de Saint-Malo, et non de celui de Vannes. Teir Feunteun est la forme bretonne de "trois fontaines".