Pour certains toponymistes, la forme ancienne de 1238 suggère un nom issu de "balneum", terme latin qui signifie « bain » en français. On ne peut cependant écarter totalement la présence d'un mot breton latinisé, compte-tenu de la forme "Bain" figurant dans le Cartulaire de Redon quatre siècles auparavant. René de Laigue a d'ailleurs relevé dans ce document trente-six noms de lieux de langue bretonne sur la localité. Les attestations anciennes montrent en tout cas que la lettre -s à la fin du nom dans la forme administrative est un ajout indu qui remonte au XIVe siècle. Ce n'est qu'en 1923 que Bains devient Bains-sur-Oust, l'ajout permettant une distinction plus nette avec Bain-de-Bretagne/Baen-Veur, nom d'une autre commune d'Ille-et-Vilaine. La forme en breton comporte le complément Ballon, en référence à une célèbre victoire des troupes bretonnes de Nominoë sur les Francs de Charles le Chauve en 845, Ballon étant situé à Bains-sur-Oust, où dans les environs immédiats.