Le nom Lanniliz comporte deux composants bien définis : Lann, avec l'acception de "lieu consacré" dans le cas présent, et non celui de terrain inculte où pousse l'ajonc notamment. Le déterminant qui suit et les formes anciennes relevées abondent dans ce sens. Lann correspond historiquement à une fondation religieuse remontant au haut Moyen Age, sur laquelle un moine de l'Eglise celtique, a établi un ermitage. Le second élément Iliz veut dire "église". La forme "Lanna ecclesie" que l'on peut lire dans les Pouillés de Tours (première moitié du XIVe siècle) en est une traduction en latin. A cette époque, Lannilis n'avait pas encore acquis sa singularité. En effet, il faut attendre sans doute la fin du siècle d'après Bernard Tanguy (Dictionnaire des Noms de Communes du Finistère) ou le siècle suivant d'après Erwan Vallerie (Communes bretonnes et paroisses d'Armorique), pour que n'éclate la paroisse primitive de Plouziner (Voir à cette entrée) et n'en découlent les entités autonomes de Lannilis, Landeda et Broenoù (cette dernière étant rattachée à la deuxième au XIXe siècle). La forme ancienne de 1426 est la première mention de Lannilis seule et l'on peut considérer que c'est à partir de cette époque que le nom Lannilis supplante celui de Plouziner. Celles qui précèdent indiquent la localité en référence à Plouziner, comme si Lannilis en était le chef-lieu.