L’origine du nom est limpide. Il est composé du mot commun de langue bretonne kleger, qui se rencontre régulièrement dans la toponymie en Bretagne, notamment sur le littoral. Ce mot est formé sur le radical klog (“pierre”). Kleger désigne une masse rocheuse, un amas de rochers, un chaos, comme Clegyr/Clegr en gallois et Clegar en cornique, langues celtiques les plus proches du breton. On peut lire parfois que le nom serait composé de Kloz (“Enclos”) évolué en Kle-, dédié à un certain Ger, rappelant Saint Geran, sous le patronage duquel est placé Cléguer/Kleger. Cette idée semble provenir de l’Eglise, avec la volonté d’ancrer la création de la paroisse dans la Tradition hagiographique bretonne via son nom, à l’instar de ce que l’on rencontre pour d’autres toponymes à raison, bien entendu (cf. Les nom en Plou-, Lann- ou Lok- suivi d’un nom de saint). Lorsque l’on se concentre sur les données historiques et linguistiques à disposition, il s’agit d’une simple construction dans le cas qui nous occupe, probablement par analogie sonore entre Ger et Geran. Les prononciations du nom recueillies en breton auprès de bretonnants de naissance localement sont celles-ci en alphabet phonétique internationale : [kleɟər] [kleɟɛr] ([kleɟɛrn]) [kliɟər] ([kliɟərn]) [kliɟɛr]... La première voyelle est tantôt un -e fermé, tantôt un -i, d’où la forme “Kliger” que l’on rencontre parfois. Cependant, la variation du premier -e en -i ne se rencontre pas dans les formes historiques, ni dans la forme contemporaine. Elle est récente et partielle à l’oral, si bien que la forme Kleger est plus consensuelle et respectueuse de l’orthographe du breton. On note Kleger avec un K en breton, pour rendre le son K. La lettre C seule n’existe pas dans l’orthographe moderne de la langue bretonne, ni l’accent aigu sur le E. Par ailleurs, le G est toujours dur en breton, y compris devant les voyelles -e et -i, comme par exemple dans l’adverbe pegen (“combien” en français), qui se prononce “pé-guè-ne”. Sinon, pour le son J, on écrit J, comme dans jeneral (“général” en français). Kleger est enfin la forme que l’on retrouve dans les ouvrages actuels de référence (comme c’est le cas du mot commun kleger dans les dictionnaires), dans les ressources pédagogiques pour l’Enseignement, sur les cartes, dans la production écrite de langue bretonne d’une manière générale. Cette forme a été confirmée par la Commission de toponymie qui a étudié tous les noms de communes en Bretagne dans les années 1980-90 pour la signalisation routière. C'est donc cette forme que préconise l’Office public de la langue bretonne également.