Toponyme formé sur le breton Enez ("île") postposé, réduit à la forme altérée "ène" dans la forme administrative (PGNLB). Le premier élément est Mol, forme évoluée de Moal, dont la diphtongue -oa s'est réduite sur le -o. Ce mot signifie "chauve" en breton moderne. Il découle du moyen-breton (XIe-milieu du XVIIe siècles) Moel, comme le montre la forme la plus ancienne dont nous disposons. Ce mot est identique au gallois Moel, au cornique Môl et à l'irlandais Maol. Mais c'est avec l'acception toponymique qu'il a conservée en gallois de "colline dénudée", c'est-à-dire dépourvue d'arbres, qu'il faut le prendre dans Molenez (DNCF). En breton, on dit rarement Enez Molenez, d'autant que le mot Enez entre en composition dans le nom lui-même : on dit tout simplement Molenez (voire Moulenez ou Moul ; d'après les informations recueillies par Mikael Madeg, le nom pourrait s'entendre prononcé Moalenez à Plougonvelin encore, sans la réduction de la diphtongue [RAPBL]).