Bonen est une ancienne trève de Plouguernével, érigée en commune en 1892 et agrégée à Rostrenen il y a près de 40 ans. Le premier élément du nom est Bod, non pas avec le sens de « buisson, touffe » mais avec celui de « demeure, résidence », acception que l'on retrouve dans l'expression Reiñ bod en breton par exemple, qui signifie donner le gîte. La consonne finale de Bod a chuté à la liaison avec le second composant. Ce phénomène est très courant en toponymie (De la même manière, Lost se réduit parfois à Lo-, Stank à Stan-, Koad à Ko- etc.), ainsi que dans la langue courante (cf. par exemple tad-kozh qui peut être prononcé /ta'ko:z/). Le -o est quant à lui nasalisé. D'après Bernard Tanguy (Dictionnaire des Noms de Lieux Bretons), le second composant est probablement le nom d'homme Nen, qui apparait dans plusieurs autres toponymes des environs : Brenen et Rosnen en Plouguernével. Ce nom d'homme est peut-être issu du vieux-breton *Nin, qui n'est pas sans évoquer le radical de sainte Ninnog ou de l'obscur saint Ninon.