Le nom est un hagiotoponyme, dans lequel le breton Sant est rendu par le français Saint, de sens équivalent, dans la forme administrative. Le nom de saint est Koneri, probable dérivé hypocoristique du breton Koner, lui-même hagionyme, sans doute issu du vieux-breton (Ve-Xe siècles) *Conhedr, de Kon ("chien, loup" et/ou "guerrier") et de Hedr ("hardi", Her en breton moderne avec le sens de "téméraire, audacieux"). Koner est également un nom de personne laïc, devenu patronyme, noté Conner à l'état civil (Le correspondant cornique Conner a été anglicisé en Connor). Saint Koneri est honoré en différents lieux en Bretagne (pas outre-Manche, semble-t-il), sous cette forme ou sa variante Goneri avec un G initial, surtout dans l'actuel département des Côtes-d'Armor. Outre l'église de la présente localité, Koneri est le patron de Saint-Connec/Sant-Koneg et titulaire de chapelles à Plougrescant/Plougouskant, à Plougraz, (disparue) à Hémonstoir/Henvoustoer. Il est également attesté dans la toponymie comme à Saint-Conéry/Sant-Goneri en Pederneg, Conéry/Koneri en Ploëzal/Pleuzal, Gonéry/Goneri en Langoad... Il est également présent dans le nord-Finistère, tel que dans Langoneri, associé à l'appelatif Lann ("lieu consacré, ermitage") en Brelez (29) et en Plourin-Ploudalmézeau (29).