Le nom de lieu est formé d'un nom de saint, sant en breton. En l'occurrence, il s'agit de Gwenn, honoré ailleurs en Bretagne de haute époque, comme en atteste la toponymie, tels que les noms composés du terme générique Plouev ("paroisse" bretonne primitive) suivants : Pleuven/Pluwenn (29) et Saint-Pierre-de-Plesguen/Sant-Pêr-Plewenn (35). Le breton Gwenn, auquel correspond le cornique et le gallois Gwyn, signifie "blanc, pur". Il se présente lénifié en -Wenn dans le nom qui nous occupe en raison du mot Sant qui précède. En effet, ce dernier provoque souvent (pas toujours) l'adoucissement des consonnes -gw (cf. Sant-Weltaz, Sant-Wennole, Sant-Winael) et -m (Sant-Varzhin, Sant-Vaodez, Sant-Vazhev). Saint Gwyn est en outre l'un des cinq saints frères honorés à Llanpumsaint au Pays de Galles.