Le nom de cette ville portuaire est composé de deux éléments de langue bretonne assez limpides. Comme le montrent les formes anciennes, le premier composant est Penn qui veut dire "tête, bout, extrémité". Il est suivi de Poull qui désigne généralement une petite étendue d'eau (une mare, une fosse, un bassin, un lavoir et parfois une anse sur le littoral). La consonne finale /n/ de Penn a évolué en /m/ par un effet de labialisation, c'est-à-dire en raison du contact avec la consonne labiale /p/ à l'initiale du second composant. Pempoull est un toponyme que l'on rencontre ailleurs en Bretagne. Ajoutons que l'explication d'un nom formé de Pemp ("cinq") suivi de Poull n'a aucune assise.